聚丙烯酰胺具有极性基团，其酰胺基容易通过氢键吸附在泥沙颗粒表面。另外，聚丙烯酰胺的分子链很长，一般有100nm长，但宽度只有0.1nm。大有序长链在水中有巨大的吸附表面积，絮凝效果好。长链可以用来在颗粒之间架桥，形成大颗粒絮体，从而加速沉降。
聚丙烯酰胺在NaOH等碱的作用下可以水解。水崩解剂是聚丙烯酰胺和聚丙烯酸钠的共聚物，是一种阴离子高分子絮凝剂。部分水解后，原本卷曲的主链分子链可被拉伸，吸附面积增大，架桥能力提高。因此，部分水崩解的絮凝效果优于非水崩解的絮凝效果。最佳水解度的聚丙烯酰胺(水解度是聚丙烯酰胺分子中酰胺基转化为羟基的质量分数)可使水中悬浮物的沉降速度比非水崩解提高2 ~ 9倍。如果水解度太低，效果不明显，类似非水崩解;如果水解度过高，虽然主链会膨胀得更多，但分子链负电荷过强，阴离子粘土颗粒的排斥力增大，影响阴离子粘土胶体颗粒在水中的吸附架桥作用，絮凝效果会低于非离子产品。由于每条河流中的泥沙成分不同，土壤颗粒的负电荷强度也不同，最佳水解度是一个变量。一般水解度为25% ~ 35%的产品效果较好。
